Kirkerne og kirkegårdene, der i det daglige administreres af menighedsråd, provstierne og Fyns Stift , har Nationalmuseet som øverste myndighed.
Kirkernes omgivelser administreres af Fredningsnævnet for Fyn og kommunerne. Områder tæt på kirkerne er ofte fredet ved tinglyste kendelser, de såkaldte Exner fredninger. Ændringer, byggerier m.m. skal forelægges Fredningsnævnet for Fyn. Kirkebyggelinjerne, der sikrer at der ikke kommer bebyggelse og anlæg højere en 8,5 meter i en radius af 300 meter omkring en kirke, naturbeskyttelseslovens § 19 administreres af kommunerne.
Kulturarv Fyn 